NGS (Next Generation Sequencing) – giải trình tự gen thế hệ mới ngày nay đã được sử dụng rộng rãi trong đông đảo lĩnh vực. Trong lĩnh vực sinh học, NGS được áp dụng từ tìm hiểu căn bản đến những tìm hiểu về lâm sàng, hệ gen học trong nông nghiệp và khoa học hình sự. ≫> xét nghiệm adn cần gì
Tham khảo về giám nghiệm bệnh di truyền đa gen
Chúng tôi ứng dụng công nghệ NGS của Illumina để xét nghiệm một số gen là chỉ dấu cho một số bệnh -tật, từ đó người mang gen có thể dễ dàng có kế hoạch thăm khám và điều trị sớm, giảm thiểu tối đa các tác hại của bệnh lý. Ở các nước tiên tiến trên thế giới, do trình độ phát triển khoa học kỹ thuật cao, thu nhập tốt, việc xét nghiệm gen bệnh trở thành xét nghiệm rất phổ biến, được ứng dụng tại rất nhiều trung tâm y tế, công ty xét nghiệm tư nhân. Tại Việt Nam, do giá thành của xét nghiệm này còn cao so với thu nhập, trình độ hiểu biết của nhân viên y tế, người dân còn hạn chế nên những xét nghiệm này còn chưa được quan tâm đúng mức.
Nguyên lý Khoa học
Giải pháp giải trình tự thế hệ mới NGS có nhiều loại, ở đây chúng tôi sử dụng công nghệ của hãng Illumina – Hoa Kỳ, hiện đang chiếm trên 80% tổng dữ liệu NGS được phân tích của thế giới, độ chính xác 99.999999%. Công nghệ của Illumina có 3 điểm đáng chú ý:
1. Sự hình thành cụm
Các đoạn mẫu giải trình tự được gắn trên bề mặt tế bào dòng chảy. Tế bào dòng chảy được thiết kế để giữ cố định DNA theo nguyên lý giúp nâng cao phản ứng với các enzyme, đảm bảo tính ổn định của DNA khuôn, và sự bắt cặp không đặc hiệu của các nucleotid gắn huỳnh quang. Quá trình khuếch đại tạo ra 1000 bản sao của từng đoạn khuôn ở gần nhau (khoảng cách khoảng 1 micron hoặc nhỏ hơn). Vì quá trình này không liên quan đến nguyên lý đánh dấu quang học, đánh dấu cơ học, hoặc đặt các hạt beads vào giếng, mật độ cụm có thể lên đến mười triệu phân tử trên một centimet vuông.
2. Giải trình tự gen bằng phương pháp tổng hợp
Công nghệ giải trình tự gen bằng phương pháp tổng hợp sử dụng bốn nuleotid có gắn huỳnh quang để giải trình tự nhiều chục triệu cụm DNA trên bề mặt tế bào dòng chảy cùng một lúc. Trong từng chu kì giải trình tự, một phân tử dNTP được thêm vào chuỗi nucleid acid. Phân tử dNPT có gắn khoá, khi được gắn vào sẽ tạm ngừng quá trình tổng hợp, tính hiệu quỳnh quang sẽ được ghi nhận để gọi tên nucleotid đó. Sau đó enzyme sẽ phục hồi quá trình tổng hợp, dNTP tiếp theo sẽ được gắn vào chuỗi. Vì bốn dNTP (A,C,T,G) được cung cấp đồng đều, do đó quá trình cạnh tranh tự nhiên giúp giảm thiểu việc kết hợp sai nucleotid. Quá trình gọi tên nucleotide dựa trực tiếp trên cường độ tín hiệu từ mỗi chu kì, giảm các sai số như ở các kỹ thuật khác. Kết quả có tính chính xác cao, loại bỏ các lỗi gọi sai, cho dữ liệu là trình tự trên toàn bộ gen, bao gồm các vùng có trình tự lặp lại hoặc homopolymers.
3. Phân tích kết quả
Công nghệ Illumina giải trình tự đồng thời rất nhiều đoạn đọc, nâng cao tính tương đồng, độ lặp lại cao, độ tự tin cao trong việc xác định các khác biệt trong di truyền. Phép giải trình tự sâu cho phép sử dụng kết quả gọi có trọng số cao và phân tích thống kê, tương tự với các phương pháp truyền thống, có thể xác định thế đồng hợp và dị hợp và xác định các lỗi sai trong trình tự.
Dữ liệu đọc thô sẽ được đánh giá và cho điểm tốt, tư vấn việc phân tích tờ kết quả và phân tích độ tự tin vào bảng kết quả.
Nguồn: sưu tầm
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét